Сколтех активно поддерживает такую форму международного сотрудничества как совместное руководство аспирантскими исследованиями, так же известную в мировой практике как договора Сotutelle. Основная цель подобных договоров – предоставить аспиранту возможность проводить исследования на базе двух университетов под совместным руководством профессора из Сколтеха и профессора из партнёрского университета, и, как результат, получить две степени PhD, защитив диссертацию всего один раз.