Центр коллективного пользования в области геномики

screenshot-2019-06-10-at-08-09-40

 

Центр коллективного пользования в области геномики создан в Сколтехе в марте 2018 г.  ЦКП включает оборудование для высокопроизводительного секвенирования нового поколения компании Illumina (HiSeq4000, NextSeq, MiniSeq), комплекс оборудования для пробоподготовки (Illumina cBot 2, Biomek NXp Span-8, Covaris M220 и др.), а также анализа и хранения получаемых данных.

Геномика – одно из ключевых направлений биологических и биомедицинских исследований. Наиболее современным и перспективным методом геномики является высокопроизводительное секвенирование, называемое также секвенированием нового поколения (next-generation sequencing, NGS). Развитие методов NGS сделало возможным определение последовательностей геномов большого числа видов и особей одного вида, детальный анализ экспрессии генов в разных тканях организма и т. д., что послужило основой для революционного изменения представлений о структуре, функционировании и эволюции живых организмов. NGS используется не только для фундаментальных научных исследований, но и для практически ориентированных целей, таких как поиск генетических основ наследственных заболеваний, анализ динамики патогенных организмов, поиск генов, ассоциированных с экономически важными признаками у сельскохозяйственных животных и растений, и многих других.

Основная задача Центра – координация и сопровождение геномных исследований, ведущихся в Сколтехе, а также проведение научно-исследовательских работ, связанных с высокопроизводительным секвенированием, в интересах участников экосистемы Сколково и внешних заказчиков. В 2019 году ЦКП стал одним из 18 объектов инфраструктуры, выбранных РНФ для выполнения проектов 8 научных групп: http://rscf.ru/ru/node/podvedeny-itogi-konkursov-prezidentskoy-programmy-na-podderzhku-vedushchikh-laboratoriy-i-infrastruk

Руководитель ЦКП – Федотова Анна Вячеславовна, к.б.н. 

 

Услуги

1.Подготовка шотган-библиотек ДНК для анализа вариантов и для сборки de novo
2.Подготовка библиотек РНК (RNA-seq) для анализа экспрессии и для сборки de novo
3.Подготовка библиотек с длинной вставкой (3-10 Кб)
4.Подготовка библиотек ампликонов
5.Подготовка библиотек ДНК, обогащенных определенными фрагментами генома (например, экзомы)
6.Секвенирование на HiSeq4000
7.Секвенирование на MiniSeq
8.Консультационные услуги (определение стоимости работ, связанных с секвенированием, составление смет и разработка ТЗ, экспертиза проектов) и обучение
9.Научно-исследовательские работы, связанные с секвенированием, в том числе полного цикла – от подготовки образцов до анализа результатов.

По всем вопросам, связанным с заказом услуг и сотрудничеством просьба писать по адресу

 

Проекты, выполняемые на базе или при участии ЦКП

Внутренние:

  1. Разработка технологии ускоренной селекции масличных культур на основе высокопроизводительных методов генотипирования и молекулярного фенотипирования для обеспечения продовольственной безопасности России (2016 – 2018, руководитель Ф.Е. Хайтович)
  2. Определение причин потерь беременности у человека при помощи экзомного анализа абортивного материала (2017 – 2019, руководители Г.А. Базыкин, Д. Яроцкий)
  3. Разработка методик для анализа видового состава пищевой продукции растительного происхождения с помощью высокопроизводительного секвенирования (2017 – 2018, руководитель М.Д. Логачева)

Внешние:

  1. Исследование транскриптома нута с помощью высокопроизводительного секвенирования (2018)
  2. Анализ экзома пациентов с моногенными наследственными заболеваниями (2018)
  3. Исследование влияния широкого спектра концентраций уабаина на транскриптом в нейронах человека (2018)
  4. Секвенирование митохондриальных геномов оленей (2018)
  5. Секвенирование, сборка и функциональная аннотация геномов грибов, растений и экстрахромосомных генетических элементов бактерий (2018 – 2019)
  6. Проведение геномного и транскриптомного секвенирования для изучения роли отбора в формировании географической изменчивости и видообразовании на примере представителей мышеобразных грызунов (Myomorpha, Rodentia) (2019)
  7. Секвенирование транскриптомов нативных клеток динофлагеллят Prorocentrum minimum и клеток, находящихся в процессе искусственно индуцированной реорганизации клеточных покровов (2019)

Проекты в рамках инфраструктурного конкурса РНФ:

  1. Изучение структуры и разнообразия CRISPR-кассет при помощи глубокого количественного анализа спейсеров (2019 – 2021, руководитель – Е.Е. Савицкая, с 2020 года – С.А. Медведева)
  2. Клеточная модель получения и анализа фагоцитов человека  (2019 – 2021, руководитель И.В. Лядова)
  3. Транскриптом как ключ к пониманию филогении, эволюционной полиплоидности и феномена низкой скорости молекулярной эволюции осетровых рыб (2019 – 2021, руководитель Н.С. Мюге)
  4. Эпигенетическиие характеристики трансвзаимодействий хромосом и регуляции экспрессии тканеспецифичных амплифицированных генов (2019 – 2021, руководитель В.А. Гвоздев)
  5. Геномные факторы перехода к паразитизму в эволюции нематод (2019 – 2021, руководитель С.Э. Спиридонов)
  6. Y-бокс-связывающие белки: новые подходы для решения старых проблем (2019 – 2021, руководитель Л.П. Овчинников)
  7. Эволюционная история подсемейства полевочьих (Arvicolinae,Cricetidae, Rodentia): взгляд со стороны генома (2019 – 2021, руководитель Н.И. Абрамсон)
  8. Топологически-ассоциированные домены хроматина и А/В-компартменты в геноме курицы: идентификация и визуализация с помощью технологии HiC и микроскопии сверхвысокого разрешения (2019 – 2021, руководитель А.В. Красикова)

Публикации (с участием сотрудников ЦКП):

  1. Speranskaya AS, Khafizov K, Ayginin AA, Krinitsyna AA, Omelchenko DO, Nilova MV, Severova EE, Samokhina EN, Shipulin GA, Logacheva MD. Comparative analysis of Illumina and Ion Torrent high-throughput sequencing platforms for identification of plant components in herbal teas. Food Control 2018 (93): 315-324 https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0956713518302032
  2. Omelchenko DO, Speranskaya AS, Ayginin AA, Khafizov K, Krinitsina AA, Fedotova AV, Pozdyshev DV, Shtratnikova VY, Kupriyanova EV, Shipulin GA.; Logacheva MD. Improved protocols of ITS1-based metabarcoding and their application in the analysis of plant-containing products. Genes 2019, 10, 122 https://www.mdpi.com/2073-4425/10/2/122
  3. Schelkunov MI, Penin AA, Logacheva MD. RNA-seq highlights parallel and contrasting patterns in the evolution of the nuclear genome of fully mycoheterotrophic plants. BMC Genomics. 2018 19(1):602 https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-018-4968-3
  4. Penin AA, Klepikova AV, Kasianov AS, Gerasimov ES, Logacheva MD. Comparative analysis of developmental transcriptome maps of Arabidopsis thaliana and Solanum lycopersicum. https://www.mdpi.com/2073-4425/10/1/50
  5. Ulianov SV, Doronin SA, Khrameeva EE, Kos PI,Luzhin AV, Starikov SS, Galitsyna AA, Nenasheva VV, Ilyin AA, Flyamer IM, Mikhaleva EA, Logacheva MD, Gelfand MS, Chertovich AV, Gavrilov AA, Razin SV, Shevelyov YY. Nuclear lamina integrity is required for proper spatial organization of chromatin in Drosophila. Nature Communications 2019, в печати https://www.nature.com/articles/s41467-019-09185-y
  6. Klepikova AV, Penin AA. Gene expression maps in plants: current state and prospects. Plants 2019, 8(9), 309 https://www.mdpi.com/2223-7747/8/9/309
  7. Kudryavtseva OA, Safina KR, Vakhrusheva OA, Logacheva MD, Penin AA, Neretina TV, Moskalenko VN, Glagoleva ES, Bazykin GA, Kondrashov AS. Genetics of adaptation of the ascomycetous fungus Podospora anserina to submerged cultivation. Genome Biology and Evolution 2019 Oct 1;11(10):2807-2817. https://academic.oup.com/gbe/article/11/10/2807/5569885

Публикации (с использованием инфраструктуры ЦКП):

  1. Izraelson M, Nakonechnaya TO, Davydov AN, Dronina MA, Miskevich DA, Mamedov IZ, Barbashova LN, Shugay M, Bolotin D, Staroverov D, Kondratyuk E, Bogdanova E, Lukyanov S, Shams I, Britanova OV, Chudakov DM. T cell immunity does not age in a long-lived rodent species. https://www.biorxiv.org/content/early/2018/02/02/259374
  2. Eliseeva I, Vasilieva M, Ovchinnikov LP. Translation of Human β-Actin mRNA is Regulated by mTOR Pathway. Genes 2019, 10, 96 https://www.mdpi.com/2073-4425/10/2/96
  3. Alikina OV, Glazunova OA, Bykov AA, Kiselev SS, Tutukina MN, Shavkunov KS, Ozoline ON. A cohabiting bacterium alters the spectrum of short RNAs secreted by Escherichia coli. FEMS Microbiology Letters 2018 365(24). https://academic.oup.com/femsle/article-lookup/doi/10.1093/femsle/fny262
  4. Goryunov DV, Anisimova IN, Gavrilova VA, Chernova AI, Sotnikova EA, Martynova EU, Boldyrev SV, Ayupova AF, Gubaev RF, Mazin PV, Gurchenko EA, Shumskiy AA, Petrova DA, Garkusha SV, Mukhina ZM, Benko NI, Demurin YN, Khaitovich PE, Goryunova SV. Association mapping of fertility restorer gene for CMS PET1 in sunflower. Agronomy 2019, 9, 49. https://www.mdpi.com/2073-4395/9/2/49
  5. Bondareva OV, Abramson NI. The complete mitochondrial genome of the common pine vole Terricola subterraneus (Arvicolinae, Rodentia). Mitochondrial DNA Part B Resources, 4(2): 3925–3926. https://doi.org/10.1080/23802359.2019.1687026
  6. Lyabin DN, Eliseeva IA, Smolin EA, Doronin AN, Budkina KS, Kulakovskiy IV, Ovchinnikov LP. YB-3 substitutes YB-1 in global mRNA binding. RNA Biology 2020 Jan 16:1-13. https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/15476286.2019.1710050
  7. Andreichenko IN, Tsitrina AA, Fokin AV, Gabdulkhakova AI, Maltsev DI, Perelman GS, Bulgakova EV, Kulikov AM, Mikaelyan AS, Kotelevtsev YV. 4-methylumbelliferone prevents liver fibrosis by affecting hyaluronan deposition, FSTL1 expression and cell localization. International Journal of Molecular Sciences. 2019 Dec 13;20(24). https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6941058/

 

Документы:

  1. Приказ о создании ЦКП в области геномики
  2. Список оборудования
  3. Перечень услуг
  4. Регламент оказания услуг
  5. Шаблон договора оказания услуг
  6. Инструкции по подаче образцов