Алексей Пономарев имеет почти 30-летний опыт работы в учебных и научно-исследовательских учреждениях. В Сколтехе он курирует взаимодействие с промышленными компаниями и органами государственной власти, а также координирует участие Сколтеха в государственных программах в области образования, науки и исследований.

До прихода в Сколтех Пономарев два года занимал должность заместителя министра образования и науки РФ. Кроме того, он входил в состав правления нескольких крупнейших российских промышленных компаний и сыграл важную роль в реорганизации авиационной промышленности страны.

В 1982 году Алексей Пономарев окончил Московский физико-технический институт. Став начальником лаборатории Института оборонных исследований, он поддерживал активные связи с представителями российского научного сообщества и правительства. Через 10 лет он становится генеральным директором Межведомственного аналитического центра и работает на этой должности до 2010 года. В Центре Пономарев курировал научную и аналитическую деятельность в таких областях как экономика, инновации, промышленность, наука и техника, а также внешнеэкономическая деятельность.

В 1998 году он начал работать в промышленности, став первым заместителем генерального директора АНТК им. Туполева. В 2005 году в должности вице-президента Объединенной авиастроительной корпорации, он руководил слиянием ведущих российских исследовательских, конструкторских и производственных авиакомпаний. В 2008 году Алексей Пономарев перешел на работу в Объединенную двигателестроительную корпорацию в качестве заместителя генерального директора по стратегии; его задачей было вывести компанию в пятерку крупнейших мировых производителей турбинных двигателей̆ для самолетов.

Алексей Пономарев — доцент Высшей школы экономики, награжден Орденом «Почетный работник науки и техники РФ».