Сколтех и все его структурные подразделения расположены по адресу: г.Москва, Большой бульвар, д.30 с.1
| Структурное подразделение | Руководитель | |
| Центр Сколтеха по энергетическим наукам и технологиям | Артем Абакумов | a.abakumov@skoltrch.ru |
| Центр наук о жизни Сколтеха | Михаил Гельфанд | m.gelfand@skoltech.ru |
| Центр Сколтеха по проектированию, производственным технологиям и материалам | Искандер Ахатов | i.akhatov@skoltech.ru |
| Центр Сколтеха по добыче углеводородов | Михаил Спасенных | m.spasennykh@skoltech.ru |
| Центр Сколтеха по фотонике и квантовым материалам | Франко Купперс | f.kueppers@skoltech.ru |
| Центр Сколтеха по научным и инженерным вычислительным технологиям для задач с большими массивами данных | Максим Федоров | m.fedorov@skoltech.ru |
| Космический центр Сколтеха | Антон Иванов | a.ivanov2@skoltech.ru |
| Центр перспективных исследований Сколтеха | Игорь Кричевер | i.krichever@skoltech.ru |
| Центр нейробиологии и нейрореабилитации | Юрий Котелевцев | y.kotelevtsev@skoltech.ru |