Сколтех был создан 25 октября 2011г. при содействии девяти российских университетов и организаций:
На следующий день после своего основания, 26 октября, Сколтех подписал трехстороннее соглашение с Массачусетским технологическим институтом (МТИ) и Фондом «Сколково» о сотрудничестве на трехлетний период с целью создания и реализации программ в области образования, исследований и предпринимательства.